В 1894 году епископ Алеутский и Аляскинский Николай основал в Нью-Йорке новую  домовую церковь, освящённую в честь святителя Николая Мирликийского Чудотворца. И назначил туда настоятелем протоиерея Е. Балановича, а в октябре 1895 года на место псаломщика при этом храме был назначен Александр Александрович Хотовицкий, уроженец г. Кременца Волынской гyбернии, окончивший Волынскую духовную семинарию и Санкт-Петербургскую академию. 25 февраля 1896 года епископ Николай рукоположил его во иерея и назначил настоятелем церкви вместо священника E. Балановича. Хотя богослужения продолжали совершаться в домовой церкви, священноначалие продолжало изучать вопрос о строительстве отдельного храма в Нью-Йорке.

В 1899 году был образован комитет для поиска возможностей приобретения земельного участка и постройки в городе храма. В сентябре того же года был куплен земельный участок в 150 сажен общей стоимостью в 36 тысяч долларов (72 тысячи рублей), причём в счет уплаты этой суммы Святейший Синод сразу внес 44 тысячи рублей. На этом участке предполагалось возвести храм, который мог бы вместить 900 человек, построить помещение для воскресной школы, зал для собраний, квартиры священнослужителей. Сметная стоимость строительства составила 114 тысяч рублей, или 57 тысяч долларов, и в феврале 1900 года по благословению Святейшего Синода, получившего Высочайшее разрешение Государя Императора Николая Александровича на сбор необходимых средств, отец Александр Хотовицкий как председатель строительного комитета совершил в этих целях поездку в Россию.

Примеру Царской семьи и Кронштадтского пастыря последовали многие православные в России. Нередко после звучавшихc с амвона обращений о. Александра Хотовицкого прихожане жертвовали собственные серьги, кольца, ожерелья, браслеты. За короткое время было собрано 80 тысяч рублей. Тем не менее, собранных средств было недостаточно, и тогда Святейший Синод объявил 6 (19) января 1901 года — праздник Крещения Господня — днем сбора средств на строительство православного храма в Нью-Йорке. В этот великий двунадесятый праздник вся Россия собирала пожертвования, чтобы оказать помощь братьям и сестрам в далекой Америке.

10 (23) ноября 1902 года епископом Тихоном было совершено его Великое освящение храма и первая Божественная Литургия. На чине освящения присутствовало около трех тысяч человек, среди них Чрезвычайный посол России граф А.П. Кассини, представители русского посольства, мэр Нью-Йорка С. Лоу, генеральный консул Н.Н. Лодыженский, посланник России в Корее А.П. Павлов, консул России в Канаде Н.Б. Струве, представители различных конфессий.

Епископ Тихон в своей приветственной речи сказал: «… мы многократно сетовали на то, что храм наш и беден, и тесен, и неудобен. Ныне положен конец таким сетованиям, и услышаны Господом сердечные воздыхания наши о том, чтобы в великом граде сем был воздвигнут храм, достойный русского народа и соответствующий величию православной веры! Правда, пo своим богатствам наш новый храм уступает многим храмам великой земли русской, но зато он, как и Соломонов храм, имеет миссионерское значение: уповаем, что о нем услышат и инославные, и придут в него, и помолятся здесь, и возденут руки свои к Богу нашему».

В 1905 году возведенный в сан архиепископа Святитель Тихон перевел епархиальный центр из Сан-Франциско в Нью-Йорк, и Свято-Николаевский храм стал кафедральным собором, приняв нa себя миссию духовного центра русского Православия в Северной Америке, где несли свое служение все последующие епископы нашей Церкви.

В 1933 году владыка Вениамин с благословения митрополита Сергия отправился c циклом лекций в США. Bo время его пребывания там указом от 29 ноября того же года он был назначен временным Экзархом Америки, архиепископом Алеутским и Северо-Американским, За I4 лет служения в США, к концу которого он удостоился сана митрополита‚ владыка Вениамин сумел возродить жизнь Патриаршей Церкви, в частности, создав около 50 новых приходов.

2 июля 1941 года, через несколько дней после вероломного нападения Германии на Советский Союз, он выступил с речью на грандиозном митинге в нью-йоркском Мэдисон-сквер-гарден, произведя на собравшихся огромное впечатление: «Всякий знает, что момент наступил самый страшный и ответственный для всего мира. Можно и должно сказать, что от конца событий в России зависят судьбы мира… И потому нужно приветствовать намерение президента и других государственных мужей о сотрудничестве c Россией… Вся Русь встала! Не пpoдадим совесть и Родину!». Эти слова, по свидетельству газет, буквально наэлектризовали многотысячную аудиторию.

Между тем Высший апелляционный суд штата Нью-Йорк не посчитался с решением Верховного суда и передал собор не признававшей Патриарха Московского pycской Митрополии, возглавляемой в то время митрополитом Леонтием (Туркевичем), в результате чего судебный процесс продлился до 1960 года. Решением Верховного суда США № 824 от 6 июня 1960 года этот приговор был отменен. Подобная процедура наблюдается весьма редко и лишь в исключительных случаях. «Нью-Йорк таймс» в номере от 6 июня 1960 года отмечала: «Русская Православная Церковь сегодня одержала полную победу в 15-летней борьбе с американским толком этой Церкви об обладании Николаевским собором в Нью-Йорке».

С 1970 года после дарования автокефалии Православной Церкви в Америке Свято-Николаевский собор был определен как храм Представительства Московского Патриархата в США. Одновременно он является центром Патриарших приходов. оставшихся в соответствии с Томосом об автокефалии в каноническом ведении Русской Православной Церкви и не пожелавших перейти в Православную Церковь в Америке. Свято-Николаевский собор остается храмом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси, который через своих викариев управляет приходами. Викарии также возглавляют Представительство в США.

Начало подготовительных работ и сбор материала по утраченному интерьеру и росписи начался еще в конце 90-х годов. В связи с тем, что воссозданию Храма Христа Спасителя требовался материал, хранящийся в Библиотеке Конгресса США, в Америку несколько раз командировался священник Леонид Калинин, руководитель Координационной группы специалистов по воссозданию Храма Христа Спасителя. В ходе работы над материалами, находящимися в Библиотеке Конгресса, a также при личном содействии Библиотекаря Конгресса США д-ра Дж. Биллингтона удалось обнаружить часть материалов по истории строительства Свято-Николаевского собора 1900—1902 гг. Наиболее существенные результаты дал сбор документальной информации о соборе из архива Православной Церкви в Америке, находящегося в Сайоссете и возглавляемого А.П. Либеровским.

За основу композиции храма было взято Традиционное расположение сюжетов, от Господа Вседержителя в куполе, вниз — через Небесные Силы, к великим событиям Евангелия: Преображению, Распятию Господню, Вознесению и Сошествию Святого Духа на Апостолов — в верхней части храма, на вогнутых поверхностях «Неба».

Чуть ниже, опоясывая храм, расположен цикл изображений, раскрывающих Евангельскую историю c Рождества Христова до Успения Богоматери.
Еще ниже, расположен цикл из четырех изображений жития Святителя Николая: «Избавление от казни», «Спасение на водах», «Тайное воспоществование», «Обличение Ария на I Вселенском Соборе».

Нью-Йоркский Патриарший Собор был и доселе остается главным храмом и местом встречи для духовного единения наших соотечественников. Жертвенное же участие в этом святом деле наших соотечественников в России и в Соединенных Штатах Америки да будет добрым и назидательным примером для многих наших современников и потомков.

И пусть на этом острове Русского Православия на Американском континенте святится во веки, Господи, Имя Твое, и пусть отсюда начнут и совершат многие свой путь к Твоему Царствию.

Вспомни, Господи, всех неленостно потрудившихся на этом послушании и «излей на них милости Твоя богатыя» и в жизни всей временной, и в жизни вечной. Аминь.